Theologische Studien seit 1607

In napoleonischer Zeit, als Tirol bayrisch besetzt war, wurde der Lehrbetrieb zeitweise eingestellt. In der zweiten Hälfte des 19. Jahrhunderts zählte die theologische Ausbildungsstätte zu den berühmtesten des Habsburgerreichs. Die Teilung Tirols und damit auch der Brixner Diözese nach dem Ersten Weltkrieg führte dazu, dass Studierende aus Nordtirol allmählich ausblieben.

Einen Aufschwung erlebte die Hochschule durch die 1964 erfolgte Neuordnung der Diözese Bozen-Brixen, denn dadurch kamen die Theologiestudenten sowie einige Professoren aus dem früheren "Deutschen Anteil" der Diözese Trient nach Brixen. Nachdem in den siebziger Jahren infolge des Rückgangs der Priesteramtskandidaten die Zahl der Studierenden der Theologie stark abgenommen hatte, konnte man allmählich wieder einen Anstieg verzeichnen, da sich auch immer mehr Laien dem Theologiestudium zuwandten. Ebenso kamen nun auch regelmäßig Studierende aus deutschen und österreichischen Diözesen für das sogenannte Freijahr nach Brixen.

Für die Theologische Lehranstalt ergab sich durch die 1974-76 geführten Verhandlungen mit der Theologischen Fakultät der Universität Innsbruck und mit den zuständigen Österreichischen Bundesministerien eine neue Situation: Die an ihr absolvierten Studien werden nun von der Theologischen Fakultät in Innsbruck aufgrund der Harmonisierung der Studienpläne anerkannt. Den Hörerinnen und Hörern der Brixner Hochschule steht es offen, sich nach Erlangung des theologischen Diploms in Brixen mindestens ein Semester in Innsbruck zu inskribieren, um den dortigen akademischen Grad des Magisters der Theologie zu erhalten.

Ab 1976 wurden an der Brixner Hochschule auch Kurse zur Ausbildung von Religionslehrerinnen und -lehrern sowie für verschiedene pastorale Dienste angeboten. Das italienische Unterrichtsministerium hat die Philosophisch-Theologische Hochschule Brixen 1987 in die Liste jener Institutionen aufgenommen, die einen gültigen Studientitel für den Religionsunterricht an öffentlichen Schulen verleihen können.

Im Jahre 1991 wurde durch die Kongregation für das Katholische Bildungswesen an der Hochschule das „Höhere Institut für Theologische Bildung” errichtet. Es verlieh den akademischen Grad des „Magistero in Scienze Religiose“.

Die Kongregation für das Katholische Bildungswesen verlieh der Brixner Hochschule 1991 den Status einer akademischen Institution päpstlichen Rechts mit dem offiziellen Titel „Studium Theologicum Academicum Brixinense“ und damit verbunden die Befugnis, den akademischen Grad des Bakkalaureats zu vergeben.

2006 hat die Bildungskongregation das von der Hochschule getragene Höhere Institut für Theologische Bildung (ISSR) errichtet. Das Institut ist mit der Theologischen Fakultät des Triveneto in Padua durch einen Kooperationsvertrag verbunden. Es führt in 10 Semestern zum akademischen Titel "Laurea Magistrale in Scienze Religiose". Das Studium kann in Bozen in italienischer Sprache absolviert werden. 

Ab dem Studienjahr 2001/2002 wurde die Zusammenarbeit mit dem Institut für Christliche Philosophie an der Theologischen Fakultät der Universität Innsbruck intensiviert. Der verliehene akademische Grad des Magisters der Philosophie wird in Italien staatlich anerkannt („Laurea in Filosofia“).

Im Jahr 2002 wurde mit der Freien Universität Bozen ein Kooperationsvertrag für eine wissenschaftliche Zusammenarbeit abgeschlossen. Bei Wahrung der Eigenständigkeit der Philosophisch-Theologischen Hochschule und ihrer Kompetenz für die philosophische und theologische Ausbildung sind unter anderem eine gegenseitige Anerkennung von Studienguthaben, insofern diese dem jeweiligen Studienplan entsprechen, gemeinsame Forschungsvorhaben und der Austausch von Lehrenden und Studierenden vorgesehen.